（一）会计核算软件与手工会计核算的相同点
　　1.目标一致。无论是手工会计核算还是会计核算软件，其最终目标都是为了加强经营管理，提供准确及时的与决策相关的会计信息，参与企业经营决策，提高经济效益。
　　2.遵守共同的会计准则和会计制度。会计法规是进行会计工作的法律依据，会计准则和会计制度是指导会计工作的规范。会计法规不能因为约束对象所使用的操作工具或操作手段的改变而改变，因此两者均须遵守会计法、会计准则、会计制度及其他相关的法规和政策。
　　3.遵守共同的基本会计理论和会计方法。二者的基本会计理论和方法是一致的。如复式记账的原理、计提固定资产折旧的方法等。
　　4.会计数据处理流程大体一致。在对会计数据进行处理时，会计核算软件和手工会计核算都具有以下共同的处理流程：
　　（1）都必须严格审核原始单据的客观、真实以及合法性。
　　（2）都需要依据正确、合法的原始单据，按照借贷记账法的规则和国家会计制度的要求编制记账凭证并进行审核。
　　（3）都需要根据审核合法后的记账凭证登记相关会计账簿并定期结账。
　　（4）均需要根据国家会计制度的统一规定编制相关的报表。
　　（二）会计核算软件与手工会计核算的区别
　　1.会计核算工具不同。
　　手工会计核算：主要是算盘、计算器、纸、笔等，需要人工操作才能完成计算工作。
　　会计核算软件：是一个人机结合的系统，其最大的特点是使用电子计算机来处理会计数据。计算机可按预先设置的会计软件，自动完成会计数据处理工作.
　　2.会计信息载体不同。
　　手工会计核算: 纸张为载体
　　会计核算软件: 磁介质存储的数据文件为主，以计算机输出的纸介质凭证、账簿、报表为辅的形式。
　　3.记账规则不完全相同。
　　手工会计核算：要为会计六大要素分别设置六大类账户，并开设总账和各种明细账来反映经济业务。
　　会计核算软件：所有账户均用科目代码加以标识，其一级科目（由财政部门统一规定）第一位代表了该科目的类别，具有自动汇总下级科目发生额的作用，通过输入明细（最底层）科目的发生额情况，可以很方便的计算出总账和相关明细账的汇总金额。相比较而言，手工核算方式条件下的所谓日记账、总账、明细账、辅助账等，均已失去存在的意义，那些根据记账凭证汇总表登记总账、平行登记、错账更正（划线更正法、红字更正法）、结账、对账、试算平衡等记账规则（技术方法）的重要性也将逐渐降低。
　　4.账务处理流程类型存在差别。
　　手工会计核算：记账凭证核算形式、科目汇总表核算形式、汇总记账核算形式、日记账核算形式、日记总账核算形式等。
　　在会计核算软件环境下，整个账务处理流程分为输入、处理、输出三个环节，其控制的重点是在输入这个环节，从输入会计凭证到输出会计账表一气呵成，全部处理过程由计算机按照程序自动完成。因此，它可以不再像手工会计核算一样关注账务处理流程。
　　5.内部控制方式不同。
　　手工会计核算: 会计工作的分工以会计业务的不同性质为依据，各业务责任人之间通过传递各票据、凭证来建立联系，相互制衡，实现整体的会计职能。其内部控制主要包括：管钱的不能同时管账，并通过对账检查是否账证相符、账账相符和账实相符，以及利用会计凭证、账簿、报表数据间的勾稽关系等，从而保证会计数据的正确性与合法性。
　　会计核算软件：会计数据进入系统后，在程序的控制下连续自动的进行处理，中间一般无须人工干预，许多传统的内部控制方式失去了作用，由人工控制变为人机共同控制。因此，其内部控制不但要遵循手工情况下的会计准则和会计制度，还要遵循针对会计电算化环境的一些特殊制度，如组织控制、硬件控制、软件维护控制、文档控制等。在会计核算软件环境下，内部控制的重点是控制好原始会计数据的录入，以便把非法数据排除在系统之外。此外，主要通过操作员授权，预留审计线索，软件上采用检错和纠错技术，重新处理前自动保留副本，数据定期备份，设置并控制运行状态等手段来加强内部控制，从而保证系统的安全与可靠。