南通在职硕士培养工作开展13年来，先后开办了20多个班，截至目前培养在职硕士800多名。
　　南通市在职硕士培养工作启动于1999年，市委组织部、市科协、市人事局、市教育局共同组织在职硕士培养工作，当年由市科协所属市科技人员进修学院联合南京航空航天大学在通开办了第一个在职硕士学位班。此后，该学院先后于南航、南大、西北工业大学等高校联办在职硕士班。 2009年开始该学院与江苏科技大学联合开办研究生班，培养了近60多名船海工程硕士研究生。