分包工程的合同管理是一项系统工程，需要企业与项目之间上下联动，使整个管理过程透明化、程序化，形成一套系统的、规范化的操作程序，达到合作双方的双赢。分析分包工程管理中出现的各种问题，往往与未能规范合同签订和执行的程序有关。因为一项分包工程管理是否到位，效果好坏，很大程度上取决于分包工程合同管理的水平。
　　分包队伍的选择标准
　　分包队伍的选择往往决定了一个项目分包工程合同管理的成败。分包队伍的选择与招投标中的资质预审有某种相似之处，但由于社会上存在着千变万化的分包和形形色色的挂靠，使得其真伪难辩，从企业资质、注册资本及财务状况是较难反映分包队伍的好坏，选择分包队伍优选选择与企业有过良好合作关系的对象，在此基础上，逐步发展壮大分包队伍。对于新的合作对象，除了从企业资质、注册资本及财务状况进行考查外，重点在以下五个方面应进行全面的了解。
　　人员配备要求。除了具备相关的具有类似施工经验的技术人员外，关键是具备与其承担的分包工程相关的技术工人和熟练的操作手。
　　资金筹措能力。这是反映分包队伍实力的一个指标，要求分包商具有一定的资金筹措能力，这样能减少总承包商很多的风险，有利于合同的顺利执行，有时甚至能关系到合同执行的成败。
　　设备情况。必须具备在合同工期内完成合同所必须的设备。
　　施工经历。必须具有承担类似工程的施工经历。
　　施工成本。分包商的施工成本往往被总承包商忽视，一个好的分包合同理应达到总承包商和分包商的双赢，这是合同能否顺利执行的必要前提，只有分包商的施工成本低于分包单价，分包商才能获利，从而能顺利的完成合同，否则，会给合同的履行带来极大的困难，因而了解分包商的施工成本是很有必要的。
　　分包合同的签订细节
　　分包工程的合同管理首先要规范合同签订和执行的程序，使整个管理过程透明化、程序化。分析分包工程管理中出现的各种问题，往往与未能规范合同签订和执行的程序有关。在签订合同时以下几个方面的细节需要特别注意。
　　合同签订要及时。有些分包工程不能及时签订合同，只管干活抢进度，形成了合同事实，或将某些敏感的经济条款放到工程干完再谈，使项目的合同谈判处于非常被动状态，达不到预期的分包目的，从而使双方引起扯皮和发生经济纠纷。
　　合同签订要执行会签制度。合同正式签订前，要执行会签制度，公司可以明文规定未给会签的合同都属个人行为，应追究当事人的责任，从而杜绝个人行为给单位造成损失，如，项目经理个人或项目其他领导或部门负责人私自签订的各种出卖公司利益的不平等合同。
　　合同签订人要合法。一些项目领导未经法人授权，非法与分包商签订各种合同是分包合同管理混乱的一种表现，项目经理为公司授权对外签订合同的唯一合法代理人，其他任何人未经公司法人授权不得对外签订任何形式的合同，否则应追究当事人的责任。
　　预付款问题。除非分包大型的工程，一般的小型分包工程，分包商都具有一定的资金筹措能力，因而不应支付工程预付款，即使是大型分包工程，如果分包商不能出具相应保函，也不能支付预付款，否则分包工程的合同管理就会处于被动状态，从而给企业带来较大的风险。分包工程的合同管理有很多问题出现在各种表现形式的预付款上（包括借款），项目分包工程出现的超支付现象就是其突出表现。
　　工程转包及层层分包。分包工程如果管理不到位，很容易出现转包及层层分包现象，因此，为杜绝此类现象的发生，在合同中应注明“出现此类现象视为违约行为，应承担违约责任。”
　　工程进度控制。有的分包商由于种种原因，有时会出现“占着茅坑不拉屎”的现象，更有甚者很长时间联系不上分包商，使项目处于很大的被动状态，因此，合同应中明确规定“承包人或其书面授权的代理人未经甲方同意，私自离开工地七天或虽经甲方同意，但超过约定期限七天，致使工地处于停滞状态达七天以上”视为违约行为，应承担相应的违约责任。