（二）职责划分

内部控制的关键之点就在于不相容职务的分离，计算机会计系统与手工会计系统一样，对每一项可能引起舞弊或欺诈的经济业务，都不能由一个人或一个部门经手到底，必须分别由几个人或几个部门承担。在计算机会计系统中，不相容的职务主要有系统开发、发展的职务与系统操作的职务；数据维护管理职务与电算审核职务；数据录入职务与审核记帐职务；系统操作的职务与系统档案管理职务等。企业为防止舞弊或欺诈，应建立一整套符合职责划分原则的内部控制制度，同时，还应建立起职务轮换制度。

（三）上机管理

企业用于计算机会计系统的计算机应尽可能是专用的，企业应对计算机的使用建立一整套管理制度，以保证每一个工作人员和每一台计算机都只做其应该做的事情。一般来讲，企业对用于计算机会计系统的计算机的上机管理措施应包括轮流值班制度、上机记录制度、完善的操作手册、上机时间安排等，此外，会计软件也应该有完备的操作日志文件。

（四）档案管理

计算机会计系统有关的资料应及时存档，企业应建立起完善的档案制度，加强档案管理。一个合理完善的档案管理制度一般有合格的档案管理人员、完善的资料借用和归还手续、完善的标签和索引方法、安全可靠的档案保管设备等。除此之外，还应定期对所有档案进行备份的措施，并保管好这些备份。为防止档案被破坏，企业应制订出一旦档案被破坏的事件发生时的应急措施和恢复手段。企业使用的会计软件也应具有强制备份的功能和一旦系统崩溃等及时恢复到最近状态的功能。

（五）设备管理

对于用于计算机会计系统的各种硬件设备，应当建立一套完备的管理制度以保证设备的完好，保证设备能够正常运行。硬件设备的管理包括对设备所处的环境进行的温度、湿度、防火、防雷击、防静电等的控制，也包括对人文环境的控制，如防止无关人员进入计算机工作区域、防止设备被盗、防止设备用于其他方面等。