按生源途径结合化学结构类型，可以分为：

　　（一）鸟氨酸系生物碱

　　1、吡咯烷类生物碱益母草中的水苏碱、山莨菪中的红谷豆碱。

　　2、莨菪烷类生物碱主要存在于茄科的颠茄属、曼陀罗属和天仙子属中；是由四氢吡咯和六氢吡啶并合而成的杂环。由莨菪醇和莨菪酸缩合而成的酯。

　　3、吡咯里西啶类分布于菊科千里光属。

　　（二）赖氨酸系生物碱哌啶类、喹诺里西啶类和吲哚里西啶类

　　1、哌啶类胡椒碱、槟榔碱、槟榔次碱。

　　2、喹诺里西啶类两个哌啶共用一个氮原子稠和而成的衍生物。主要分布于豆科、石松科和千屈菜科。苦参碱为代表。

　　3、吲哚里西啶类哌啶和吡咯共用一个氮原子稠和而成。主要分布于一叶萩属植物。一叶秋碱对中枢神经系统有兴奋作用。

　　（三）苯丙氨酸和酪氨酸系生物碱

　　1、苯丙胺类麻黄碱系列。

　　2、异喹啉类

　　（1）小檗碱和原小檗碱类两个异喹啉环稠合而成。小檗碱多为季铵碱，原小檗碱多为叔胺碱，延胡索乙素等；

　　（2）1-苄基异喹啉：罂粟碱（解痉）、去甲乌药碱（强心碱）、厚朴碱；

　　（3）双苄基异喹啉：汉防己甲、乙素，蝙蝠葛碱；

　　（4）吗啡烷类：吗啡和可待因（镇痛、镇咳，成瘾）、青风藤碱。

　　（四）色氨酸系（吲哚类生物碱）

　　包括简单吲哚类和双吲哚类衍生物。包括单吲哚类（大青素B）、色胺吲哚类（吴茱萸碱）、双吲哚类（长春碱）和单萜吲哚衍生物（利血平）。

　　（五）萜类生物碱

　　1、单萜类龙胆科龙胆碱。

　　2、二萜类毛茛科乌头属、翠雀属和飞燕草属，四环三萜或五环三萜。乌头碱为代表，还有紫杉醇。

　　（六）甾体类生物碱黄杨属中的黄杨碱D，藜芦中的藜芦胺碱