一旦确诊后，应及时进行手术治疗，以免引起邻近牙的继续移位和造成咬合紊乱。一般从口内进行手术，如伴有感染须先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再作手术治疗。术前应作X线摄片，以明确囊肿的范围及邻近组织关系。 主要采取手术摘除。如伴有感染时则需要先用抗生素控制感染后再手术治疗，相关牙齿需要在术前行根管治疗。

　　一般性手术的预防性抗感染选用磺胺类药物（如复方新诺明）或主要作用于革兰氏阳性菌的药物（如红酶素、青酶素等）；体质差或并发感染者常联合用药，较常用为：作用于革兰氏阳性菌的药物（如青酶系）＋作用于革兰氏阴性菌的药物（如庆大酶素）＋作用于厌氧菌的药物（如灭滴灵）；手术前后感染严重或有并发症者可根据临床和药敏试验选择有效的抗生素。

　　颌骨囊肿为良性病变，非手术治疗无效，发现后宜尽早手术，因肿物随时间推移逐渐增大，可造成较大骨组织缺损，可致病理性骨折或影响较多牙齿而影响咀嚼功能。颌骨囊肿临床上常与颌骨造釉细胞瘤相混淆，而两者的手术方式完全不同，前者仅作单纯性刮治即可，后者则需于病变外0.5cm切除，否则易出现术后复发，因此术前的正确诊断除借助X线摄片及其它辅助诊断手段外，必要时应先作活体组织检查或于术中冰冻活组织检查确诊。 传统的囊肿刮除术手术创伤大。由于不能保证完全刮除囊壁的子囊，因此术后复发率较高；而颌骨切除术虽然减少了复发，但往往导致外形改变及功能障碍，而且手术难度较大，基层医院难以推广，现采用“开窗减压术”使囊肿变小，再用小手术的方法彻底刮除囊肿，获得了理想的效果。