明代，薛己的《内科摘要》是首先用“内科”命名的著作，王纶在《明医杂着》中指出：外感法仲景，内伤法东垣，热病用完素，杂病用丹溪。反映当时内科的学术理论已成体系。明清时期，内科的重要著作有《医学纲目》《杂病证治准绳》《症因脉治》《医宗必读》《张氏医通》《杂病源流犀烛》《古今图书集成医部全录·诸疾》《医宗金鉴，杂病心法》、《临证指南医案》等，这些著作作为中医内科学已初具规模，它们在体例上将疾病分门别类，在内容上多数含有疾病的概念、病因病机、辨证论治、治疗方药和医案等。

　　明清时期，杂病和外感病的理论有很大的发展。杂病方面，《景岳全书，杂证谟》主张“人体虚多实少”，慎用寒凉攻伐；赵献可强调命门之火；叶天土有“久病人络”之论。这一时期的专病论著明显增多，如《慎柔五书》《理虚元鉴》《疟论疏》《血证论》《中风论》等，对中医内科学的形成均起到了很大的促进作用。尤其温病学家的成就，如叶天士的《外感温热篇》首创卫气营血辨证，成为后世诊治温病的准绳；薛生白的《湿热病篇》对湿热病证的发挥，充实了温病学说的内容；吴鞠通的《温病条辨》提出三焦辨证，完善了内科热病学术体系。

　　这一时期，理论上已不限于一家之言，而是博采历代众家之长，结合自己的经验加以发挥，创造性地建立并完善了热病和杂病的证治体系，使中医内科学术理论更臻成熟与完备。