外科手术为根治本病的首选方法，应争取在压迫症状或并发症发生前施行。术时先用细针将囊液抽去（慎防囊液外溢），然后将内囊摘除。内囊与外囊仅有轻度粘连，极易剥离，常可完整取出。肺、脑、骨等部位的包虫病亦应行摘除手术。 在手术摘除包虫内囊之前，向包虫囊内注入10%福尔马林液以助杀死原头蚴，由于本品对肺部组织具有刺激性和偶有的中毒副作用，故尤其不适用于破裂性肺或肝包虫囊肿。国外有人采用西曲溴胺（cetrimide）杀原头蚴，并认为是毒性低、效果好的理想杀原头蚴剂，用于人体包虫囊摘除术前，分2次注入囊内适量的0.1%Cetrimide，每次历时5分钟，一组10年期间通过378例的手术时应用和手术后观察报告表明，无1例包虫复发，而未用Cetrimide以前，术后包虫复发率为10%. 苯并咪唑类化合物是近年来国内外重点研究的抗包虫药物，在动物实验的基础上试用于临床并取得了一定的疗效。按照WHO意见，阿苯达唑和甲苯咪唑均列为抗包虫的首选药物。有作者认为其适应证如下：

　　①继发性腹腔或胸腔包虫病，多发生于原发性肝或肺囊型包虫病并发破裂之后，亦可因包虫手术时保护不严，或因误作诊断性穿刺，致使包虫囊液外溢，继发种植扩散，病变遍及全腹腔或全胸腔，手术难以根除。

　　②多发性或多脏器囊。