1、操作中疼痛 
　　本方法需取得患者配合。治疗前应讲清楚，在局部麻醉下施行此种治疗具有一定的痛苦，必须取得患者的理解和配合，并注意从60℃开始缓慢加热，可减少突然高温所带来的痛苦。 
　　2、颅内出血 
　　半月神经节内侧邻近海绵窦和颈内动脉，穿刺不慎或进入卵圆孔过深易损伤而出血，严重者可形成颅内血肿。（仪器定位穿刺可完全避免） 
　　3、脑神经损害 
　　如面部轻瘫等。 
　　4、颅内感染 
　　严格无菌操作可防止颅内继发感染。特别需要注意防止反复穿刺时穿刺针穿破颊黏膜将口腔内细菌带入颅内。 
　　5、带状疱疹 
　　可在手术后数日出现在患区，其机理尚不清楚。局部可涂甲紫或可的松软膏，数日即可愈合。 
　　6、角膜炎 
　　半月神经节热凝术的一个较为严重的并发症即是角膜反射消失，严重者可引起麻痹性角膜炎，最终可导致患者失明。操作过程中要注意控制加热的温度和时间，并随时查看角膜反射的变化。已发生角膜反射丧失者，要嘱患者带眼镜，使用眼膏保护角膜，防止角膜炎。有的角膜反射消失后需数个月才逐渐恢复。 
　　7、面部感觉障碍 
　　大多数患者治疗后可有不同程度的面部感觉障碍。在Menzel总结的315例中，治疗后大约93.1%患者面部有不同程度的麻木感或烧灼感。 
　　因此，在治疗前，患者及家属有权向主治医生了解治疗可能可能产生的副作用。