第一，防止人畜粪便对水源的污染：人畜粪便含有很多病菌和寄生虫卵等，可以使水源直接和间接遭到污染，引起人体肠道传染病和寄生虫病。所以，首先要做好农家粪便的卫生管理和无害化处理。同时，水源应远离污染源，水井周围30米以内不能有简易厕所、粪坑、垃圾堆、猪圈等污染源。水井周围3米到5米内，应规定为水源卫生防护带，防护带内不洗衣服和其它脏东西，以防污水渗入井内污染饮水。同时，做好水源本身的防护工作。水井要选在地势较高的地方，有一定坡度，便于排水和防止雨水流入水井。水井要有完整的井台、井栏，井口要加盖或密封抽水。

　　第二，防止生活污水和有机垃圾对饮水的污染。预防污水、垃圾对饮水的污染要注意两条：一是生活污水和垃圾要妥善处理，最好进行高温堆肥发酵处理，使它不含细菌和有害成分。二是管理和收集污水、污物，严禁向水源排放污水和倒垃圾。

　　第三，防止工业废水、废渣对饮水的污染。随着农村经济的不断发展，乡镇企业越来越多企业排放的废水、废渣也越来越多。废水、废渣中往往含有铅、砷、酚、氰化物等有害化学物质，水源一旦遭到工业废水、废渣污染，则会引起急性化学中毒，甚至危及生命安全。长期喝这种被污染的饮水，即使有害物在饮水中含量不多，也会造成慢性中毒。最有效的防止方法是大力提倡对工业废水、废渣综合利用和回收，清除有害物质；其次，废水要有固定的排放渠道，工业废渣要妥善管理，单独堆放，远离饮用水源，以防污染饮水。