洪涝灾害预防医学主要任务是达到“灾后无大疫”，把传染病的流行控制在最低限度。但疾病的发生和流行受到病因、环境、群体状况和自然因素及社会因素的相互影响。其中灾度大小、灾前人群中的疾病情况、人群免疫水平及抗灾防病干预措施对控制传染病的流行更有密切关系。
　　（一）强化灾区预防性的干预措施加强环境卫生管理，清除垃圾、污物、掩埋动物尸体、进行粪便和家畜管理，改善居住环境。积极保护水源，开展打井或饮水消毒，使灾民有清洁饮水。
　　（二）控制传染源，阻断传播途径在某些传染病疫区应有重点的控制传染源，开展自然疫源地的来鼠活动，在灾民密集的庄台、堤坝清除蚊蝇孳生地，有效地控制和消灭病媒害虫。强化食品卫生管理，防止“病从口入”，控制食源性疾病的发生。
　　（三）加强疫情监测，建立住处反馈网络在重点灾区或传染病多发地区设立疫情监测点、严密监视疫情动态，及时反馈信息，及时通报和报警，以便采取预防决策。
　　（四）提高人群免疫水平，发挥计划免疫效力，水灾破坏了灾区计划免疫的冷链设备和资料，打乱了正常的工作程序，灾民移动分散，人群免疫水平难以控制。灾后有必要对某些疾病进行疫苗的应急接种和服药预防，如钩体病接种疫苗，以及麻疹，脊髓灰质等。针对性的开展强化免疫疟疾预防服药等，对控制灾区的传染病暴发流行都有重要的作用。
　　（五）加强特殊人群的健康保护，维护灾民身体健康儿童、老、弱、病、残及孕妇等特殊人群的身体抵抗力差，由于灾害期间过度疲劳和紧张，环境恶劣、营养不良、生活不安定、日晒雨淋和虫咬，日夜不能安息，处于机体内外病因交加之中极易患病。因此对这类特殊人群应采取预防性保健控制疾病流行都是非常必要的。