生物碱的分类方法主要有3种，按植物来源、生源途径和基本母核的结构类型分类。
　　按基本母核类型分类：
　　一、吡啶类生物碱
　　（一）简单吡啶类 此类生物碱结构简单，很多呈液态。
　　代表化合物物有：槟榔碱，槟榔次碱，烟碱。
　　（二）双稠哌啶类 代表物有：苦参碱
　　二、莨菪烷类生物碱
　　此类生物碱由莨菪烷衍生的氨基醇和不同有机酸缩合成酯。代表物有：莨菪碱、古柯碱等。
　　三、异喹啉类生物碱
　　（一）简单异喹啉类
　　（二）苄基异喹啉类
　　1.1-苄基异喹啉类 代表物有：罂粟碱、厚朴碱
　　2.双苄基异喹啉类 代表物有：汉防已碱
　　3.原小檗碱类 代表物有：小檗碱、延胡索乙素
　　4.吗啡烷类 代表物有：吗啡、可待因
　　四、吲哚类生物碱
　　代表物有：吴茱萸碱、马钱子碱、士的宁、长春碱、长春新碱、利血平。
　　五、有机胺类生物碱
　　代表物有：麻黄碱、秋水仙碱、益母草碱