目前，我国科学研究机构除中国科学院系统的研究机构外，行业科研院所都转制为科技企业。科研院所企业化转制取得了显著的成效，但也带来了新的问题。面对生存和发展压力，科研机构把更多的精力和注意力聚焦在市场上，客观上造成科技创新能力不同程度上的削弱；科技创新向两翼化发展，高新技术和基础研究力量有所削弱，可持续发展后劲不足。 
　　国家监管的十几家行业综合性科研机构，是科技创新的主导力量，但目前在机构设置、职能定位、运行机制等方面，与科技自身发展规律仍存在一定的不适应性，需要从深化科研机构改革入手，加快建立现代科研院所制度。
         行业前沿、关键、共性技术的研发，代表一个行业乃至整个国家的科技水平。国家应在行业应用基础研究、高技术研究等社会公益研究方面加大扶持力度，建立稳定的投入机制，并在科研条件建设上加大支持力度，继续发挥院所在国家科技创新体系中的骨干作用。
　　要注重内部改革。重在理顺内部机制，形成管理科学规范、行业服务职能健全完善、提高自主创新能力的运行机制。
　　建立科研机构开放合作机制。通过政策引导等手段，加快建立和完善科研机构、高等院校和企业多层次的科研体系，形成开放合作的机制。强化科研机构的技术开发、成果转化和技术服务的核心作用，发挥高等院校在基础研究领域的重要作用，进行重大科技难题攻关。