妊娠期间，孕妇用药通过胎盘屏障可以直接影响胚胎及胎儿。最严重的药物毒性是影响胚胎分化和发育，导致胎儿畸形和功能障碍，与用药时的胎龄密切相关。着床前期（卵子受精至受精卵着床于子宫内膜前）的受精卵在输卵管腔和宫腔分泌液中，着床前期用药对胚胎及胎儿的影响不大，药物影响胚泡的必备条件是药物必须进入分泌液中一定数量才能起作用，若药物对胚泡的毒性极强，可以造成极早期流产。晚期胚泡着床后至12周左右是药物的致畸期，此期胚胎、胎儿各器官处于高度分化、迅速发育、不断形成的阶段。心脏、脑最先分化发育，随后眼、四肢等。此时孕妇用药的毒性能干扰胚胎、胎儿组织细胞的正常分化，任何部位的细胞受到药物毒性影响，均可能造成某一部位组织或器官发生畸形。药物毒性作用出现越早，发生畸形越严重。妊娠12周以后直至分娩，胎儿各器官已形成，药物致畸作用明显减弱，但对尚未分化完全的器官（如生殖系统），某些药物还可能对其产生影响，而神经系统因在整个妊娠期间持续分化发育，故药物对神经系统的影响一直存在。