EDI清算所往往开始的时候是一组公司，包括若干制造商、贸易商、供应商，以及经销商和其他一些机构的网络。所有公司本着共同的利益建立起相互结合的电子单证交换网络。EDI清算所的运作与一对多的系统不同的是，EDI清算所模式中的主角是一些大的公司，它们往往都是EDI的先行者，EDI系统并不是纯粹出于自己公司的单方面利益的需要。从一开始，这些公司就可能在某种程度上与竞争者进行合作，主要目的是为了保护全行业的利益。因此，EDI清算所的运作对所有的参与者都是有好处的。参与者看到库存减少，通过对市场反应速度的提高，向客户提供的服务也更好。每一个参与者都从程序简化和减少差错等方面受益。这样就会有更多的企业参与进来。最终使得全行业和整个社会的商业关系得到稳固。

然而，在清算所模式申，参与公司也不可避免问一系列的问题:谁对整个系统负责?谁来对商业单证的格式标准化来做决定?谁来为每一个用户分配识别代码，以便每个参与者都有自己的独立代码?使用该系统要不要付费?

从各国的发展经验来看，清算所模式的EDI服务中心通常都是最终由与用户没有直接商业关系的中介机构来建立，例如贸易促进机构、商业协会等。这些机构通常要能够致力于EDI标准的制订和处理行业内部以及与其他行业之间的协调关系。这些机构逐步演化为行业协会组织，当然也通过收取会员费和向会员提供服务来获得发展。

在概念上，清算所模式的EDI服务中心的运作是非常简单的，它主要是数据的存储和传输中介。每一个用户都有自己的独立代码和安全措施，就像锁一样可以防止不被授权的其他人进人和提取数据。当用户通过自己的计算机与EDI清算所连接，它要通过EDI服务中心的防火墙或安全系统。一旦认定是授权的使用者，那么就可以进人并可以提取发送过来的单证，如订单、发票和确认书等。

清算所模式的EDI服务中心要对所有的数据传输进行备份，并作为商业原始凭证要按法律所规定的时间保留。在简单的EDI服务中心，每笔交易都是单独处理的。由于每个单证都是已经被翻译成EDI的标准语言，EDI服务中心的任务就是对数据内容的封面进行处理，这样可以保证有些非常敏感的内容，如电子转账通知等内容不被局外人获取。也有人预测，随着EDI标准的不断进步，特别是联合国EDIFACT标准的普及，EDI服务中心的职能就不仅仅局限于处理数据内容的封面，其增值服务要延伸到核对单证标准，以及满足一些特殊的需要。