这里，人们不禁有些疑问，EDI的运作与电子邮件(E-mail)的运作有些类似。但是，EDI与电子邮件毕竟不同，下面是他们之间的区别之处:

(1)EDI是机构到机构之间的数据传输;而E-mail则是个人到个人的信息传输。

(2)EDI传输的是标准化和结构化的数据文件;而E-mail则是传输非标准化的文本文件，尽管电子邮件也可以附着各种格式的附件。

(3)EDI目前遵循的全球标准是联合国的EDIFACT标准;而E-mail则通常使用的是ASCII(American Standard Code for Information Interchange)格式。

(4)EDI主要是支持计算机的自动数据处理，更具体就是EDI实际上是在两个计算机的应用系统之间进行数据交换，没有人工干预;而E-mail则是传递个人信息，通常其信息的获得是为了个人的需要，接收的计算机系统无法自动识别所传输的信息。