由于EDI传输的信息是格式化的商业文件或商业单据，因此，它就要求商业机构之间必须统一传输技术和信息内容的标准。现行的EDI则必须通过商业伙伴之间预先约定协议来完成。

协议的范围不仅包括技术协议，例如通讯协议、报文格式和报文内容等，还包括商业伙伴之间，甚至于商业伙伴与增值网络服务商之间签订的法律上的协议。当所有协议达成后，参与方必须依据书面文件进行EDI的测试，以确保一切与协议一致。当其他贸易伙伴要加人时，也必须遵守原EDI参与方间所有的约定、协议和方法。

由于不同行业、不同地区实施EDI所采用的标准和协议的内容是不同的，这样就导致了大量不同结构EDI系统的出现。各个系统之间由于所采纳的标准和传输协议不同，彼此之间相对处于封闭状态，因此，人们称之为封闭式EDI。