2009年12月22日，南都公益基金会、友成企业家扶贫基金会、中国青少年发展基金会、中国红十字基金会、北京万通公益基金会、北京光华慈善基金会、孙冶方经济科学基金会、北京西部阳光农村发展基金会和心平公益基金会9家基金会负责人联名致函财政部部长谢旭人、国家税务总局局长肖捷和国务院有关部门，认为财政部、国家税务总局《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》和《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》两个规范性文件与《企业所得税法》及《企业所得税法实施条例》存在抵触，违反上位法的明确规定，限制了“符合条件的非营利组织”的合法权利，将会对中国的基金会和公益慈善事业的发展造成严重阻碍。
　　次日，又有北京艺海慈善基金会、李四光地质科学奖基金会和北京交通大学教育基金会等15家基金会提起复议。至此，共有24家基金会联名致函国务院有关部门和财政部、国家税务总局。
　　日前，采访了此事的发起人、南都公益基金会副理事长兼秘书长徐永光。徐永光介绍了此事的由来和信函上书具体内容。
　　两个文件将会带来严重后果
　　2008年1月1日，《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称 《企业所得税法》）和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下简称《实施条例》）同时生效实施。《企业所得税法》及《实施条例》关于非营利组织税收制度的规定，开创了中国公益税收制度的新纪元，作为公益性的非营利组织，基金会业界备受鼓舞。
　　2009年11月11日财政部、国家税务总局联合发布了 《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（以下简称 《免税收入通知》）和《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税[2009]123号）（以下简称《资格认定通知》），对非营利组织免税资格认定管理和企业所得税免税收入范围作了规范。在2008年1月1日《企业所得税法》及其《实施条例》生效实施后至上述两个通知下发前的将近两年的时间里，符合条件的非营利组织的认定及其收入免税问题一直处于搁置状态。
　　因感冒嗓音沙哑但思路非常清晰的徐永光，陈述了这两个文件将会带来的严重后果，将会“扼杀非公募基金会于摇篮中”，“这无疑是对中国企业和个人创办大型非公募基金会说‘不’”。
　　徐永光说，《免税收入通知》和《资格认定通知》违反上位法的明确规定，限制了“符合条件的非营利组织”的合法权利，未能忠于《企业所得税法》及其《实施条例》关于公益税收制度的立法宗旨，将会对中国的基金会和公益慈善事业的发展造成严重阻碍。
　　建议对《免税收入通知》和《资格认定通知》的合法性进行审查 
　　为此，他们依法向国务院提出对《免税收入通知》和《资格认定通知》进行审查的建议。恳请国务院对于《免税收入通知》和《资格认定通知》的合法性进行审查。上报材料主要包括如下内容：
　　一、《免税收入通知》限制了“符合条件的非营利组织”依据税法应当获得的免税权利。
　　二、《免税收入通知》没有明确非营利组织从事营利活动取得的收入中哪些收入能够获得免税。
　　三、《资格认定通知》制定部门的主体资格存在问题。
　　他们希望有关部门，对其不符合上位法的规定予以改变或者撤销，并对于非营利组织的税法主体地位、非营利组织免税认定程序与登记程序的衔接、非营利组织从事经营活动取得的哪些收入可以获得免税等问题尽快进行研究，以保障非营利组织根据《企业所得税法》及其实施条例所享有的合法权益，促进中国公益事业的健康、持续发展。
　　与此同时，他们也在考虑当自身的合法权利受到具体侵害时，根据《行政复议法》第七条的规定，对财政部、国家税务总局的《免税收入通知》和《资格认定通知》，一并提起行政复议。
　　希望更多媒体关注基金会的生态环境
　　作为由企业出资创办的一家非公募基金会，南都公益基金会自2007年5月11日成立以来，就把“支持民间慈善”作为自己的使命。徐永光通过剖析南都公益基金会的现状，详细地描述了当前我国非公募基金会所处的困境。
　　作为民间的、草根型的南都公益基金会，既不能与官办的慈善机构相比，也不能与有国企背景的基金会相提并论，但执行国家政策法规却是“一刀切”，没商量。
　　《基金会管理条例》规定，非公募基金会的年度支出必须不低于上一年资金节余的8%，这与其他国家相比本来就是高的（美国法律规定是5%），再加上对企业出资成立的基金会投资收入要征收所得税，没有任何优惠，这将极大挫伤企业办基金会的积极性。
　　就拿原始基金1个亿的南都公益基金会来说，如按年度支出必须不低于上一年资金节余的8%计算，则需要800万元。假设南都公益基金会经营性活动的投资收入达10%，即1000万元，按25%征收所得税即250万元后，余额为750万元，还达不到8%的年度支出任务要求。
　　征收所得税还将导致非公募基金会资产不断萎缩。其结果是，中国的非公募基金会只有一条道路，越做越小，不断萎缩，更不可能出现类似于美国福特这样的基金会———原始基金4亿多美元发展到现在超过100多亿美元。
　　税收优惠是世界各国激励公益捐赠、鼓励基金会宏观发展的通例。美国私立基金会只缴纳相当于净投资收益 1%—2%的消费税。同样，在德国、澳大利亚、日本等国，决定是否征收基金会和其他非营利组织投资收入所得税，通常取决于收入是否用于公益，如用于公益，一般免征基金会所得税。
　　非公募基金会作为民间捐资成立的非营利性公益组织，对于推动社会公益事业、促进社会和谐发展具有积极作用。但目前，我国民间公益的力量还很薄弱，基金会还十分弱小，未来发展任重而道远。去年出现的“陈发树风波”和“曹德旺困惑”等事件，从某种意义上表明，老百姓对慈善事业还不理解，甚至误解和曲解。不仅如此，就连政府部门的一些工作人员，也有这样的不正确思想。观念上的错位甚至落后，已给我国慈善事业的发展带来巨大的阻碍。徐永光坦言，如果制度安排中的一些不利因素不能很好解决，势必束缚我国基金会的发展，更谈不上做大做强，那么，我国现代慈善事业的春天就不会真正到来。
　　据悉，自去年12月22日以信函的形式联名上书国务院有关部门和财政部、国家税务总局后，至今没有任何音信与答复。为此，徐永光操着沙哑的声音呼吁，希望有更多的媒体关注此事，关注基金会的生态环境。同时，他表示9家基金会负责人，诚挚希望与谢旭人、肖捷直接进行对话，请高层领导了解问题的严重性和紧迫性，尽快研究对策并修正相关问题，切实落实税法所确认的非营利组织的税收优惠政策，推动中国公益慈善事业健康、持续发展。