（一）外商投资企业的海关登记备案手续
依法批准设立并已领取营业执照的外商投资企业，应向企业所在地主管海关（企业所在地未设海关的，向管辖该地区海关业务的分管海关）办理企业登记备案手续。登记备案时应提供以下资料：
1.外经贸部或其授权机构签发的外商投资企业批准证书；
2.营业执照；
3.企业的合同章程及其有关主管部门的批准文件（外资企业仅提供企业章程及其批件）；
4. 其他有关资料（如项目建议书、可行性研究报告及其批复等）。
主管海关审核登记备案后，对资料齐全、合法、有效的，予以登记备案，发给《外商投资企业资产登记手册》。 
（二）进出口货物的通关手续
外商投资企业除办理上述登记备案外，还应按照海关对报关单位的规定，向主管海关办理报关单位注册登记手续。进出口货物通关的基本程序请参阅本节的第一部分，其中：
1.外商投资企业进口属于加工贸易项下的货物，应提供主管海关核发的《登记手册》；外商投资企业作为投资总额内进口的机器设备及其零部件，应由国家检验检疫机构办理外商投资财产价值鉴定，办理进口报关手续时，应提供中国检验检疫机构签发的《外商投资财产价值鉴定报验通知单》。
2.外商投资企业出口属于加工贸易项下加工产品的，应提供主管海关核发的《登记手册》；如属于购买非本企业生产的产品出口的，应提供外经贸主管部门的批准文件。 
3.已在海关办理了登记备案的外商投资企业，其进口货物如能享受国家有关减免税优惠政策，应在货物进口前，填写企业盖章的免税申请表，到企业所在地主管海关办理进口减免税备案及审批手续。
(1)办理减免税应向海关提供以下材料：
①项目审批部门出具的《国家鼓励发展的外资项目确认书》；
②项目主管部门审批的"企业进口货物清单"；
③有关进口货物的合同或发票；
④海关核发的《外商投资企业资产登记手册》；
⑤其他有关材料。
(2)主管海关审核后，对已列入项目主管部门批准的"企业进口货物清单"，符合国家对外商投资企业减免税优惠政策的进口货物，签发《进口货物征免税证明》一式两联，并根据有关规定批注征免税意见后，主管海关留存第一联，其他一联制作关封交申请企业，凭以向进境海关办理进口手续。
(3)海关签发的《进口货物征免税证明》是按一批进口货物、一个进口口岸签发的，如进口货物为分批到货或分口岸进口,则需分别申请办理征免税证明。
海关签发的《进口货物征免税证明》的有效期为六个月，进口企业应在海关签发之日起六个月内办理进口货物手续。如因特殊情况需延长期限，应经主管海关核准。 
对《进口货物征免税证明》上海关签署意见为"征税"的进口货物，进境地海关按规定征收进口关税和进口环节税后，放行货物。对进口货物正在办理但尚未办妥《进出口货物征免税证明》的，进境地海关予以按进口货物应缴纳税款征收保证金后放行货物，企业在三个月内补交《进口货物征免税证明》后予以退还保证金，逾期不补交的，进境海关将保证金转为进口税款征收入库。