审单作业、物流监控和职能管理三大系统既相互支持配合、又相互监督制约，形成一个有机的整体，共同构筑新型海关管理模式。 
审单作业系统是在各业务部门共同支持和参与下，包括计算机电子审单、审单中心专业化审单和隶属海关现场接单审核在内的，既分工协作又相互制约的报关单证和数据处理系统。 
物流监控系统是以现代科技手段为依托，以货物流为基础，实行计算机数据底帐（信息流）与货物流相互印证，对进出境运输工具、监管区域、监管场所和海关监管货物实行全方位、全过程有效监控的作业系统。 
职能管理系统是以通关前的审批、注册、备案、参数维护、风险布控，以及通关后对通关数据的综合分析、效能评估、跟踪稽查和监督检查为主要管理方式的业务运行管理系统。