1、通关作业流程 
特点：受理申报、统计复核、审单、征税、查验、放行等各项作业分别在基层海关——直属海关——基层海关进行；审单作业系统、物流监控系统和职能管理系统三大作业系统将货管、征税、统计等部门融合运作，共同参与管理。 
2、现场海关作业流程 
现场海关作业流程即在基层海关进行的现场接单审核、税费处理、查验、放行、签发报关单证明联等一系列的作业。在此流程，企业和报关员在通过现场大屏幕或BP机发送的信息得知本单位电子申报通过审单中心审核后，向现场海关递交有关报关单证，协助海关查验，缴纳税费、提取货物、领取报关单证明联等。