联网监管模式打破了传统的前期备案、中期核查、后续核销“三段式”管理格局。一方面，前期延伸至企业经营状况的调研、内部管理制度及物流管理水平的考察、关务作业操作和海关监控数据的约定，极大地丰富了前期管理的内容。另一方面，淡化中后期管理的界限，核查的重点放在企业内部管理制度的执行、保税货物的管理等方面，核销是根据企业保税货物实际库存量与电子帐册理论结余料件数据进行认定的过程。与现行监管模式相比较，海关管理实现业务流程重组后，第一次实现了海关与企业管理的“无缝对接”：
1、“后续管理前置”的前期规范
企业在实施联网监管过程中必须配合海关监管完成的前期准备工作有：接受海关对生产管理系统的考察，明确实施联网监管的工作任务，建立加工贸易保税货物商品参数库，在海关指导下确定商品的归并关系，建立符合海关监管要求的内部管理制度，根据海关监管要求整合关务数据编制相应的接口程序。
海关在对企业的前期辅导过程中，致力于帮助企业理顺物流与信息流、资金流的关系，在生产加工制造链的重要节点嵌入相应的管理规则与约束机制，最大限度地降低企业不规范操作的概率，减少技术性违规的发生。
2、建立链式管理模型实现据实核算
20多年来，海关对加工贸易保税料件的核销始终遵循按出口成品折合料件核扣的规则，对于大型IT企业成百上千的出口成品，人工核算几乎无法细化到成品的具体规格，粗放式的核算核扣必然导致核销结论的偏差。联网监管建立链式管理模式的业务需求正是针对这一情况提出来的，通过建立细化到出口成品版本与组成料件的一一对应关系，使用工单追踪方法，核扣不同BOM（物料清单）表的料件耗用，从而使据实核算出口耗用成为可能。但不是所有企业都有能力或有必要建立链式管理模型，它受到出口成品的料件构成、企业生产管理的内在要求以及管理系统开发程度的制约。
3、以“数字对话”提升实际监管质量
联网监管提供了多个数据与数据、数据与实物核对的信息来源：企业报送单耗数据与工单发料情况的核对；深加工结转货物按产业链关系双向数据对碰；电子帐册理论节余料件与实际保税库存数据的对碰，使海关监管的空间从单证拓展至实际库存、产业链相关企业，监管效能得到了实质性的提升。因此，“数字对话”已成为见证企业申报数据真实与否的有效手段，也是印证海关监管是否有效的手段之一。